衣原体的感染主要以抗感染的治疗为主，多种抗生素可以杀灭衣原体，比如大环内酯类抗生素、四环素、利福平等。

衣原体可以导致人体多个部位传染，衣原体可以导致患者发生结膜炎，衣原体可以诱发泌尿生殖系统的感染，衣原体还可以导致肺部感染。

眼部感染可以给予抗生素滴眼液进行治疗，其他部的感染可以全身给予抗生素。有些部位的衣原体感染需要结合手术治疗，比如眼部感染可以导致睑内翻和倒睫，需要通过手术的方式进行纠正。