女性生殖系统衣原体感染是一种异常感染，因为正常女性生殖系统里存在支原体，但是不存在衣原体，一旦检测出来衣原体，就认为是异常，需要治疗。而且衣原体感染对机体的影响远远大于支原体，有时会引起慢性输卵管炎，导致输卵管不通，增加宫外孕的可能。所以一旦检查出衣原体感染，一般给予阿奇霉素等大环内酯类抗生素治疗，效果较好；也可以根据临床药敏试验，选择相对敏感的药物治疗。