灌肠到好处是刺激肠道的蠕动，软化大便使大便容易排出。用于治疗便秘，排出体内的毒素。但是如果长期灌肠就会产生依赖性，对人体是有害的。特别是长期采用肥皂水灌肠，可以引起肠道炎症。

灌肠还会引起肠道菌群的失调、引起过敏、脱水、腹泻。如果惯常操作方法不正确，会引起肛门局部的损伤，污染尿道或者阴道，也会引起肠道穿孔等并发症。临床上也有极少数灌肠引起病人死亡的病例，应予以注意。