肛窦炎不是都要做手术，只有经保守治疗无效，或肛窦内已化脓，或伴有肛乳头肥大及皮下瘘，则需要手术。

肛窦炎的保守治疗，可口服抗感染药物或清热解毒作用的中成药，用中草药肛门熏洗坐浴，可外用痔疮膏，消炎止痛栓纳肛，有便秘者可口服缓泻剂，如麻仁丸或乳果糖，肛门还可以做微波理疗。

肛窦炎患者平时要合理饮食，少吃辛辣刺激性食物，多吃富含纤维素的食物，保持大便通畅，防止便秘。保持肛周清洁卫生，勤换内衣内裤。