很多原因都会导致小男孩阴茎短小。由于男孩阴茎的发育主要是依靠性激素以及生长激素，如果男孩体内的内分泌系统出现了异常，生长激素与雄激素分泌不足，会影响到男孩阴茎的发育，使阴茎过于短小，同时也会影响到男孩的身高。

如果男孩存在包茎，也会限制到阴茎的发育；此外阴茎和海绵体组织发育出现异常，也容易引起阴茎短小。

有部分男孩可能会出现隐匿性阴茎，主要是由于阴茎埋藏在皮下脂肪组织里边，在外观上看，阴茎就会显得过于短小。