非手术保守治疗肛瘘是不能治愈的，只能减轻症状。如果肛窦感染加重，肛瘘还会反复发作，甚至可以形成肛周脓肿。

行手术治疗时，如果高位肛瘘的内口及瘘道未准确找到并且彻底清除，术后还会出现感染复发的情况，说明手术失败，需要再次行根治术。

有的患者术后在饮食及排便情况不加以注意，大量进食辛辣食物及饮酒，平时经常便秘，排便困难，或是经常腹泻，导致肛窦发生感染，再次出现高位肛瘘。所以要求肛瘘的患者术后平时应清淡饮食，禁食辛辣，忌饮酒，注意肛门清洁，尽量避免再次出现肛瘘。