多数癫痫手术无后遗症，少数通常是短期的或在短时间内消失。

常见的后遗症有头痛、头晕、刀口附近不适，发炎的可能性约为2%，还有其它并发症，如偏瘫、言语障碍、活动能力差、脑功能障碍或人格异常，人格异常的可能性很小。

专门研究癫痫发作的医生非常重视功能保护，一些术后护理很少会出现后遗症的现象，但是也要注意压疮、肺部感染、双下肢深静脉血栓形成等并发症，要积极的预防这些并发症，防止出现不严重的后果。