脑囊肿手术以后有可能会有后遗症发生，具体后遗症种类要结合实际病情来判断分析。有些脑囊肿长在额叶、颞叶本身就症状不显著，这样手术以后是能够治好，不会留下后遗症。

有些人囊肿术后会留下智力障碍、记忆能力下降的后遗症。

还有部分人，有可能手术以后会出现反复癫痫发作的后遗症，需要长期口服抗癫痫药物进行治疗。另外，有部分脑囊肿的患者手术以后有可能会出现手脚活动障碍、偏瘫、讲话含糊不清的后遗症现象。