长期使用新乐敦眼药水可能会诱发干眼症，也可能会引起继发性青光眼。

新乐敦眼药水中含有盐酸萘甲唑林，该药为血管收缩剂，长期使用抗炎导致眼压升高，引起青光眼。青光眼可以导致患者剧烈眼痛，并且出现明显的视力损害。另外新乐敦眼药水中含有防腐剂，长期使用可导致眼表的泪膜稳定性下降，出现眼睛干涩的症状。

新乐敦眼药水具有较好的缓解眼疲劳、减轻眼部充血、缓解眼痒的症状，但只能短期使用，长期使用可能会出现上述不良反应。