眼眶囊肿一般不会自动消失的。

眼眶囊肿大多属于实质性的增生性病变，虽然病情相对较轻，多为良性囊肿。但是患者自身的免疫力或者抵抗力是无法消除囊肿的，一般需要给予医疗性的干预方式，促进囊肿的消除。

临床上，眼眶囊肿一般无特效的药物治疗方式，主要是通过外科手术切除的方法来治疗囊肿。前期应给予眼部眼眶的B超、CT或者核磁扫描，来判断囊肿的位置及具体的病情，根据结果来制定相关的手术方式，术后给予预防感染的药物治疗。