怀孕39周小便有刺痛感，考虑跟以下几点因素有关。

1.可能是怀孕后期快要临产了，子宫压迫膀胱，从而出现小便有刺痛感症状。

2.可能跟炎症有关。比如出现宫颈炎、盆腔炎，或泌尿系统炎症后，可能会产生尿道刺痛症状。

3.部分孕妇怀孕期间小便有刺痛感还有可能跟平时的饮食习惯有关。若经常吃辛辣刺激性的食物或容易上火的食物，也有可能会产生此种反应。

怀孕后期要做好饮食调理工作，清淡饮食。同时还需要多喝水，多休息。如果有疾病出现，需要及时用药治疗。