扁桃体炎自觉好转仍有不舒服，主要考虑是以下因素引起的：

第一，扁桃体炎并未完全恢复，还在恢复期，症状已经明显改善，例如化脓性扁桃体炎，经过抗感染、补液对症治疗，已经没有明显的进食困难、寒战、高热等症状，可能还会伴有全身无力，需要进行休息，逐渐恢复体力。

第二，考虑有并发症，扁桃体炎并发了急性肾小球肾炎，当扁桃体炎好转的时候，还会有明显的水肿、高血压等症状，可通过肾脏彩超、肾功能、尿常规等检查辅助诊断，扁桃体炎如果好了，是不会出现不舒服的情况。