喉咙总是不舒服可以考虑扁桃体炎，但也可以考虑咽喉炎。具体的还需要根据患者的临床症状，判断疾病类型。

如果患者喉咙不舒服期间，伴随有扁桃体明显红肿症状，首先考虑扁桃体炎的可能性较大；如果扁桃体正常，但是咽喉壁存在明显的充血、肿胀表现，多属于咽喉炎的症状。喉咙不舒服的原因是由于炎症刺激扁桃体，或者咽喉黏膜神经，而引发的一种临床表现。

如果患者上述症状是近期出现的，可以在医生指导下使用消炎药，配合一些清咽润喉的中成药进行治疗。如果长期存在喉咙不舒服的情况，还可以考虑慢性咽喉炎或慢性扁桃体炎，必要时建议去医院耳鼻喉科就诊。