睡醒后上半身骨头痛，常见原因有如下几个方面：

1.如果是老年患者或者绝经期以后的妇女，考虑为骨质疏松症所致。骨质疏松症患者多表现为全身酸痛不适，尤其以上半身腰背部疼痛为主，通过骨密度测定可以明确诊断。患者一旦确诊后，可以给予抗骨质疏松治疗。

2.如果患者为围绝经期的女性，考虑为更年期综合征所致，建议患者需要及时到妇产科就诊。

3.也可能是自身免疫性疾病所致，需要到风湿免疫科完善风湿四项、抗核抗体谱等相关检查，才能确诊。