睡着后发生呼吸困难憋醒多见于心肺系统的疾病。

呼吸系统的疾病，如睡眠呼吸暂停综合症，在睡眠过程中，如果呼吸暂停的时间比较长，就容易发生呼吸困难、憋醒、支气管哮喘，由于夜间迷走神经张力增高，容易导致支气管痉挛，也会引起胸闷气喘憋醒的症状，所以出现这种情况，需要到医院的呼吸科进行就诊。

如果是中老年人，既往有高血压冠心病等心脏基础疾病，夜间睡着后呼吸困难憋醒的情况，还要考虑是否为心功能不全，因为夜间平卧后回心血量增多，会加重心脏的负担，导致急性左心衰的发作、肺水肿，这种情况下需要到心内科进行就诊，及时的改善心功能的处理。