早上起来牙齿酸痛原因有很多，首先可能是牙齿长期磨损导致牙釉质损伤引起。此时牙本质暴露后会引起牙齿的敏感，早上牙齿可能会有酸痛的感觉，一般多见于老年人。

也可能牙齿隐裂引起的酸痛，通常轻度的隐裂没有症状，如果比较深度的隐裂到达牙髓，经常会有牙齿的酸痛。如果牙齿出现龋变，特别是深龋感染已经达到牙髓引起急性炎症，牙齿会有剧烈的酸痛。

牙齿酸痛还可能与肠胃疾病有关。消化功能减退时可能会有胃部反酸，刺激到牙齿而引起酸痛。