难辨梭状芽胞杆菌及其毒素是伪膜性肠炎的致病因素。难辨梭状芽胞杆菌是一种厌氧革兰氏阳性菌，椭圆形，位于细菌顶部。在动物实验中，乳酸杆菌可以降低该菌株的毒力，而其它梭菌可以增强其毒力。难辨梭状芽胞杆菌能迅速繁殖并产生毒素引起疾病。

本病也可发生在术后，尤其是胃肠道肿瘤术后，以及其它严重疾病如肠梗阻、恶性肿瘤、尿毒症、糖尿病、心力衰竭、败血症等患者。这些患者一般具有极低的抗病能力和免疫能力，或因疾病需要接受抗生素治疗，体内环境发生变化，肠道菌群紊乱。