导致婴儿出现囟门凹陷的原因，考虑有以下几个方面：

1.有可能跟孩子脱水有关。如果孩子存在着反复呕吐、反复腹泻等这一系列的症状，孩子体内的水分会大量的丢失，所以孩子的脑细胞也会出现相应的缺水状态，处于一种塌扁的状态，就会表现为囟门的凹陷。

2.跟营养不良有关系。如果孩子长期的得不到蛋白质、脂肪，以及糖分这三大营养物质的供给，孩子会出现体型特别消瘦，从而也会表现为囟门有所凹陷的现象，所以需要加强孩子的营养供给。