脸上黑色扁平疣的治疗方法如下：

1.可以通过冷冻疗法电离子烧灼术等方式进行治疗。通过灼烧疣体的方式去除扁平疣。

2.如果扁平疣不太严重，可以使用一些药物进行治疗。比如匹多莫德口服液、胸腺肽肠溶胶囊，还可以使用一些外用的药物，比如维A酸软膏。

3.在治疗过程中，也要注意面部的保护，不要使面部受到过冷或过热的刺激，在洗脸时不要用力过度，选用适合自身的化妆品。也不要用手随意地抓挠患处，避免抓破以后出现感染。