甲亢碘131治疗的副作用主要有：

第一，甲状腺功能减退，分为永久性和暂时性的甲状腺减退两种情况，治疗早期出现的甲减一般是碘131对甲状腺腺体的破坏所致，治疗后期一般是由于自身免疫反应所致，一旦发生甲状腺减退，均应该应用外源性甲状腺激素替代治疗。

第二，放射性甲状腺炎，放射性碘治疗可以引起甲状腺自身抗原的大量释放，导致甲状腺炎，在治疗前先应用抗甲状腺药物治疗，可以在一定程度上预防甲状腺炎的发生。

第三，突眼，极少数患者可以出现突眼加重的情况。