咽拭子检查是不会损伤咽喉部黏膜的。由于取标本时部位比较深，需要采咽喉深部的分泌物或是扁桃腺周围的分泌物，有可能会出现干呕的情况，样本采完以后会逐渐缓解，是不需要特殊处理的。

咽拭子目前用于新冠肺炎感染的筛查，比较方便，不受吃饭的影响。如果咽拭子检查一次阴性也是不能完全排除新冠肺炎的。需要结合临床症状，或是反复检查咽拭子，及影像学检查，综合考虑确诊。

咽拭子检查的结果受标本的采集部位、标本的运输及储存、及化验方法都有可能影响检查的结果。