引起早晨起来咳嗽的原因，很可能是受凉导致上呼吸道感染引起的，比如咽炎。其次，也有可能是支气管炎或者肺炎引起的。

上述疾病会导致呼吸道分泌物增加，在早晨刚起床时，呼吸道受到分泌物刺激，出现反射性的咳嗽。如果这种现象出现的比较频繁，可以及时去当地正规医院的呼吸内科做相关检查，明确具体的病因，选择合适的药物治疗。

大多数咳嗽伴有咽喉疼痛的症状，很可能是咽喉炎引起的，可以通过咽喉镜检查确定病情，在医生的指导下，使用止咳化痰的药物来配合抗感染的药物缓解症状。