钩端螺旋体病治疗最重要的方案是抗菌治疗。首选青霉素，一般疗程是7天或用至热退后3天。应用青霉素治疗可以发生赫氏反应，多为首次应用青霉素注射后的30分钟到4小时之内出现。

除了可以使用青霉素外，也可以使用第三代头孢菌素，如头孢曲松及喹诺酮类药物，也有抗菌作用。要避免选择使用肝功、肾功损伤的药物。

钩端螺旋体病除了抗菌治疗外，还要使用对症支持疗法。如患者出现严重出血，要输血并用止血剂。如高热、维生素缺乏，要给予患者补液营养支持。