肛瘘对人有很多影响。肛瘘的患者都伴随着肛窦炎、肛窦隐窝感染、痔疮、肛周脓肿、肛裂等。

以上疾病都能造成肛门疼痛，患者往往惧怕排便引起的疼痛，而减少进食和排便次数，容易引起消化不良、消瘦、贫血、便秘、肠痉挛、肠梗阻等，导致患者维生素、矿物质、微量元素缺乏、内分泌和代谢系统紊乱、水电解质酸碱平衡失调，诱发多系统疾病，致使机体免疫力和抵抗力下降。

肛瘘外口排出的粪便残渣和脓性分泌物，也能导致肛周皮肤感染和湿疹样变。