肛瘘一般对排便并不会造成影响。少部分患者会在排便时感觉肛门周围不适或者疼痛症状，但大多疼痛症状并不明显，仅表现为轻微的胀痛。

一些极少数严重的肛瘘患者有可能会对排便造成影响，例如肛瘘范围非常广，而且病史久。由于反复慢性的炎症刺激导致肛瘘周围组织纤维化、瘢痕化，会导致肛门周围括约肌的括约功能下降，会导致患者出现排便困难或者肛门失禁。

轻症的会表现为气性或者液性失禁，严重的会导致肛门完全失禁。