巧克力囊肿会引起不孕。

巧克力囊肿会破坏女性盆腔的卵巢组织，以及周围环境，同时还会影响输卵管功能，而导致不孕。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症中的一种表现，可以独立存在，也可以同子宫内膜异位症同时存在。巧克力囊肿导致不孕的原因复杂繁琐，囊肿形成之后会破坏卵巢的功能，影响排卵功能，会改变女性盆腔环境，使微环境发生变化，导致受精卵不能形成者，输卵管无法输送受精卵，而发生不孕。

盆腹腔内存在大量的异位内膜，呈火山灶表现，影响女性免疫功能，刺激机体产生子宫内膜抗体，破坏了子宫内膜的正常功能，从而导致不孕。