巧克力囊肿会影响受孕。

巧克力囊肿会造成卵巢组织的破坏，影响卵巢功能，导致排卵异常，从而导致不孕。同时巧克力囊肿位于盆腔下方，会伴有多部位的异位子宫内膜，呈火山灶样的表现。

这些异位组织，会同时破坏盆腔的微生态环境，导致盆腔组织发生粘连，引起输卵管功能下降，导致拾卵功能发生障碍，不能使精子和卵子结合形成受精卵，引起不孕。会破坏子宫内膜的功能，使人体产生子宫内膜抗体，受精卵无法着床，进而导致不孕，以及破坏女性盆腔系统的抵抗力，影响妊娠功能。