肝脓肿根据发病原因来分主要的分为两大类，

第一类为细菌性肝脓肿，

第二类为阿米巴性肝脓肿，因为它们的病因不同，所以临床表现也是有一定的差距。

细菌性肝脓肿大部分都是由于继发原因引起的，如胆道、肝动脉、门静脉损伤或者异物，以及临近器官蔓延引起的细菌性感染，导致的细菌作为革兰氏阴性菌。当然也有少一部分属于革兰氏阳性菌，常见的为大肠杆菌、葡萄球菌、链球菌等。

阿米巴性肝脓肿是由于阿米巴原虫侵入肝脏，这种情况多为粪口传播，多见于温热带，并且农村的发病率更高一些，两者在使用药物上也是有所不同的。