男性尿道刺痛有一定自愈的可能性。引起男性尿道刺痛，有可能是有较小的结石通过尿道排出，划破尿道的黏膜引起刺痛，这种疼痛是一过性的。

可以增加饮水量，增加排尿量，将结石冲出尿道，结石排出后这种刺痛可以逐渐缓解，不需要应用药物干预。也有可能是尿路感染引起的，如果是轻微的尿路感染，仅是出现黏膜的充血水肿。在排尿时没有明显的疼痛，可以通过大量喝水，多冲洗尿道，利用自身的免疫力也是可以排除体内的细菌，也可以达到自愈的效果。

比较严重的尿路感染，在两天之内一般是不能缓解的，一般是需要及时给予敏感的抗生素进行治疗。