新生儿巨细胞病毒感染在宫内可以导致死胎、流产、宫内发育畸形，可以有小头畸形、小于胎龄儿、黄疸、肝脾肿大或者是脑积水等表现。围生期感染巨细胞病毒可以通过产道、宫颈逆行感染，只有极少部分出现临床症状。

病毒主要侵及中枢神经系统和单核巨噬细胞系统，新生儿会出现中枢神经系统的表现，比如脑组织钙化、脑积水、小头畸形等，病毒感染多呈现亚临床型。

呼吸道、消化道的症状表现更多一些，多见的并发症比如肺炎合并呼吸衰竭、惊厥、脉络膜视网膜炎、血小板减少性紫癜，生长发育、运动、听力、视力障碍、癫痫等。