卵巢囊肿选择手术方式需要根据女性的年龄、囊肿的大小，囊肿的性质，一侧还是两侧等综合决定。

一般绝经后女性，尤其是超过55岁的女性，一般选择全子宫切除术加双侧附件的切除术。对生育期女性，有生育要求，一般尽可能保留卵巢组织，为以后更好的怀孕，一般选择卵巢囊肿的剥除术，保留双侧的卵巢功能。对于围绝经期女性，一侧较大或两侧的卵巢囊肿，一般会切除一侧卵巢，保留一侧。因卵巢包块在术中提示为恶性肿瘤，尤其是很早期，除有生育要求保留子宫，一般要行病侧附件切除术，病变稍晚需要进一步扩大手术，行全面分期手术，甚至要切除部分大网膜、肠管、阑尾等。

因卵巢肿瘤分类很多，有良性，恶性，交界性，所以一般对发现卵巢的包块一般都建议手术治疗，手术的方式也需要根据囊肿的性质及其它综合评估，选择一个对女性最好的手术方式。