毛发上皮瘤在治疗方面可以选择激光，一般建议选择使用二氧化碳激光。这种激光照射到局部的毛发上皮瘤之后，是通过自身的能量使这种良性的肿瘤直接汽化，从而达到完全消失的目的，对于多发性毛发上皮瘤的效果相对要好一些。

如果自身的毛发上皮瘤症状较重、体积较大，而且属于孤立性的毛发上皮瘤，则建议最好是选择手术切除，这样可以有效的把局部的组织完全剔除掉，后期通过病理检测可以判断是否已经完全切除干净。

除了这些物理治疗手段以外，还可以选择使用一些具有腐蚀性的药物，比如咪喹莫特乳膏或者是足叶草脂酊，都有一定的改善作用。