毛发上皮瘤选择使用药物方面，分为口服药物和外用药物。

一般在毛发上皮瘤形成的时候，没有出现感染的情况下，建议单纯以外用药物为主。可以使用一些具有腐蚀性的药物，比如足叶草脂酊或者是咪喹莫特乳膏。连续涂抹一段时间，能够使局部增殖的情况得到抑制，从而改善这种疾病的风险。也可以选择使用一些维A酸类的药物，能够使表皮细胞脱落，也能够达到一定的治疗功效。

如果这种毛发上皮瘤出现了一些感染，引发局部出现红肿、疼痛，则建议选择口服药物，配合外用药物治疗。口服药物主要以一些消炎药物为主，比如罗红霉素、阿莫西林等，而外用药物可以选择使用一些夫西地酸乳膏或者是百多邦软膏，都有一定的改善作用。