肝囊肿会疼痛。肝囊肿是长在肝脏上的一种囊泡样病变。原因是由先天性的，也可以由后天的创伤、炎症、肿瘤所导致。

一般肝囊肿不会有症状，但是如果囊肿直径达到5cm以上时，可能会出现压迫症状。如压迫到肾脏，可能会出现肾区疼痛，如果压迫到胃部，可能会出现上腹部闷痛、胀痛不适。如果增大导致肝包膜紧绷，会引起肝区疼痛。如果肝囊肿并发囊肿感染或者出血、破裂，会导致突发性腹部剧痛，出现腹膜炎症状，压痛和反跳痛。

所以，肝囊肿患者如出现疼痛，应及时去医院就诊，对肝囊肿进行治疗和处理。