子宫内膜异位症的临床表现多种多样，病变的部位不同，临床表现也有所不同，症状特征大多与月经密切相关。子宫内膜异位症的疼痛部位有很多的可能性。首先是由于子宫内膜异位症所导致的痛经、慢性盆腔的疼痛、性交痛以及急性腹痛，都是较为常见的症状。痛经是子宫内膜异位症的典型症状，表现为继发性痛经，并且随病变的进展而渐进性的加重。典型的痛经，大多是在月经开始前一到两周开始出现，月经第一天最为剧烈以后逐渐减轻。另外子宫内膜异位的病人还可能会导致慢性的盆腔疼痛，在月经期加重。再有就是子宫骶骨或者是子宫直肠陷凹部位的内膜异位症病灶会导致性交疼痛。卵巢子宫内膜异位症囊肿，由于经期囊内出血，压力增加，导致多次出现小的破口，这样会引起内膜异位症的囊肿破裂，引起急性的腹痛。