汉坦病毒监测主要是从血清检测和基因检测两个方面开展。目前血清检测是汉坦病毒监测的主要方法。

血清检测主要是应用免疫学的原理，针对汉坦病毒特异性的IgM抗体和IgG抗体进行检测。汉坦病毒IgM监测是一种急性感染诊断的重要方法。

由于抗体容易在不同汉坦病毒之间出现交叉反应，血清监测不能用于血清分型。基因检测又叫核酸检测，是应用聚合酶链反应的技术，核酸检测具有快速、简便、灵敏特异等优点。近年来已广泛应用于汉坦病毒的分型和检测。