甲状腺功能低下最主要的原因为缺碘或者碘过量，使甲状腺无法生成甲状腺激素，导致了甲状腺功能低下。还有因为手术切除了部分甲状腺，从而降低了甲状腺生成甲状腺激素的功能，导致甲状腺功能低下。

还有一些是由于垂体和下丘脑部位的疾病，无法产生促甲状腺激素、释放激素和促甲状腺激素，从而影响正常甲状腺激素的合成和分泌，导致甲状腺功能低下。

临床研究表明，当免疫系统异常时，会破坏甲状腺组织，产生一种自身免疫性的甲状腺炎，从而使甲状腺无法产生足够多的甲状腺激素，这样也可以导致甲状腺功能低下。