肠管外瘘术后最常见的并发症就是出现伤口处感染患者，可表现为伤口久经不愈、伤口流脓、高热、寒战，甚至感染性休克，严重的感染还可以引起多脏器的功能衰竭。治疗上主要是采取对症治疗予以抗感染、补液、维持水电解质平衡、伤口换药、脏器功能保护等处理。

肠瘘术后并发症还包括肠道出血，患者可表现为贫血，甚至失血性休克等。治疗上可予以输血、补液，必要时可采取手术治疗，另外营养不良也是肠瘘术后常见的并发症可予以静脉营养支持。