肛周脓肿一般采用手术方式进行治疗，手术方式有：

切开引流术适用于高位脓肿，而且全身症状重的患者；一次性切开术适用于肛周皮下脓肿、低位肌间脓肿、肛管后间隙脓肿；切开挂线术适用于所有高、低位脓肿，一般以肛提肌以上脓肿多采用。

肛周脓肿一旦形成，应早期手术或切开排脓，或行一次性切开挂线术治疗。尽可能找到感染源内口，争取手术一次成功，避免肛瘘形成，引流要通畅 ，不留死腔。

发生在肛提肌以上的脓肿，未能确定可靠的内口，而且全身症状重，应该先切开排脓，等到形成肛瘘后，再行二次手术。