颈动脉海绵窦瘘是有后遗症的。颈动脉海绵窦瘘可能会因静脉回流障碍、脑出血及脑缺血缺氧引起相关的后遗症。颈动脉海绵窦瘘是因颈动脉，及分支破裂使血液直接入海绵窦，称为颈动脉海绵窦痿，引起的相关后遗症包括如下：

第一，海绵窦内压力及体积增大，使眼静脉回流障碍，可以出现波动性突眼、视力下降、眼睛活动受限等后遗症。

第二，动脉血直接交汇于静脉血管，引起动脉血管内压力增高，出现吹风样杂音、脑出血，从而可能导致肢体功能障碍、癫痫等并发症。

第三，动脉血管远隔部位发生脑组织缺血变化，引起头晕、记忆力下降、偏瘫等后遗症的发生。