反流性食管炎的病因有多种，首先就是食管抗反流防御机制减弱，它主要包含抗反流屏障被破坏，还有食管的清除作用被损害。再有就是食管粘膜屏障被破坏，还有就是反流物对食管粘膜攻击作用。在食管抗反流防御机制下降的基础上，反流物刺激和损害食管粘膜，其受损程度与反流物的质和量都有关系，也与反流物与粘膜的接触时间、部位有关。还有就是胃十二指肠功能失常，也会引起它主要包含胃排空异常或者是胃十二指肠反流。再有裂孔疝也可以导致，常见的就是滑动疝，再有就是妊娠呕吐。因为妊娠增加了腹内压力而发生了裂孔疝，可以引起反流性食管炎。还有一些其他的疾病，比如原发性食管、下括约肌功能不良使关闭不全，其因器质性疾病如食管下段及贲门部肿瘤、硬皮病和各种造成幽门梗阻的均可引起反流性食管炎。