宝宝后半夜发烧的原因，主要有以下几种：

1.非疾病的因素。常见的包括新生儿自主升温、药物热等。新生儿的体温调节能力较差，体温波动比较大，可能在后半夜出现体温升高，某些药物因素可以导致小儿发烧。

2.疾病的因素。常见的包括呼吸系统或者全身的感染、风湿免疫性疾病、恶性肿瘤以及下丘脑体温调节中枢的相关疾病等。

呼吸系统感染主要有上呼吸道感染、急性支气管炎、急性扁桃体炎、急性咽炎等。全身性的感染主要包括麻疹、水痘、手足口病、幼儿急疹等。风湿免疫性疾病主要有川崎病、系统性红斑狼疮、皮肌炎等。恶性肿瘤，主要有霍奇金淋巴瘤以及非霍奇金淋巴瘤等。下丘脑体温调节中枢的疾病，主要包括颅内肿瘤、大脑发育不全等。