半夜总头疼可能与以下因素有关：

1.如果存在高血压疾病，在晚上睡觉前经常饮酒或者经常熬夜，有可能会导致血压增高，就会导致半夜头痛，还伴有头胀、头晕等症状。应当及时地使用降血压药物治疗。

2.如果本身存在颈椎病，在睡觉时用的枕头过高，可能会导致交感神经及椎动脉受到严重压迫，也会引起头痛、头晕等症状。

3.半夜总头疼还有可能是偏头痛所引起，大多数患者都存在偏头痛病史，在晚上睡觉时精神过度紧张、心理压力过大或者存在严重失眠，会诱发偏头痛，就会导致半夜头痛。