灌肠治疗分为两种，一种是常规的清洁灌肠，是肛肠科疾病和肠道疾病术前给予灌肠处理达到清洗肠道，防止发生手术过程中引起感染等情况。

便秘的患者也可以给予灌肠治疗，灌肠以后造成肠腔有水分形成使大便软化，有利于大便排出。

还有一种方法是保留灌肠，主要是治疗肠道疾病给予局部用药治疗的一种方法。一般常见于直肠炎溃疡性结肠炎等情况处理，也可以用于小儿发热等情况，给予局部灌肠给药有助于吸收加快退热的方法。