灌肠治疗的原理有两个，

第一，灌肠，可以缓解急性便秘的症状。有些便秘，患者成型的大便积在直肠下端无法排出时。可以使用肥皂水底压灌肠，一般每次采用一百毫升到二百毫升左右，灌肠后左侧卧位5分钟左右去排便，可以有效的缓解便秘的症状。

第二，灌肠可以治疗盆底，以及直肠内的一些疾病，比如结直肠炎。可以将治疗药物灌入直肠内起到局部的作用，而且药物也可以通过直肠粘膜吸收，以达到治疗的目的。还可以用于治疗男性的前列腺炎，女性的盆腔炎附件炎等妇科炎症性疾病。