婴儿发烧39℃的处理方法，主要是通过口服退热药物降温。

因为体温39℃属于中度毒热的范畴，此时最佳的降温方法是通过口服退热药物降温，具体药物包括对乙酰氨基酚或者布洛芬等。因为药物副作用和不良反应相对较少，比较适合宝宝服用能够帮助宝宝快速地降低体温，改善宝宝发烧症状。

同时建议家长根据宝宝体内的具体感染情况，遵医嘱适当地给予抗感染药物治疗。从根源上治疗宝宝发烧症状，促进宝宝尽早康复，消除宝宝因发烧导致的不适症状，促进宝宝正常生长发育。