肛瘘如果不治疗或者不手术，并无法自愈。主要的原因是肛瘘的内口和外口之间的压力差所导致的。

正常状态下肛管以及直肠内的压力是高于外界的，这样就导致了位于肛管内的内口压力高于外口。由于压力差的原因就会使直肠内的粪水以及感染物质持续不断的从内口进入瘘管，使瘘管产生感染，而感染物质会从外口流出，所以瘘管并不会自行愈合。

肛瘘最终都需要通过手术才能完全治愈，手术时需要将瘘管以及内口完全切开，使其重新愈合。