小儿慢性肾功能衰竭的治疗方法，是基于患者出现的临床表现进行治疗。

药物治疗方面，由于患者会出现不同程度的血压升高，所以需要将血压控制在正常范围内，可以使用硝苯地平、氨氯地平或者非洛地平。要减轻患者水肿、增加患者尿量，可以使用利尿剂，比如呋塞米、托拉塞米等。为了纠正小儿慢性肾功能衰竭出现的酸中毒，可以使用碱性药物，比如碳酸氢钠。另外，还要使用铁剂和促红细胞生成素纠正患者贫血。如果存在有低钙血症，还要使用活性维生素D。

除了药物治疗以外，饮食方面要求患者低盐饮食，不能摄入过多的蛋白质，每天每公斤蛋白质的摄入量是0.6~0.8克。