引起龟头有小疙瘩的原因很多：

首先，细菌性龟头炎就是引起龟头出现小疙瘩的常见原因之一，会伴随着明显的龟头瘙痒症状。因为细菌容易刺激龟头皮下黏膜，引起的龟头皮肤黏膜淤血，从而导致龟头出现小疙瘩。

另外，当龟头受到外力压迫后，或者患有龟头囊肿时，会影响龟头皮下血液循环，这时也容易导致龟头出现小疙瘩，通常会伴随着明显的龟头肿胀和疼痛现象。

其次，如果龟头小疙瘩呈菜花状，同时呈片状生长，通常可能考虑和尖锐湿疣有关，例如发生不洁性的性生活，容易患有尖锐湿疣，这时就会导致龟头出现小疙瘩。