卵巢囊肿的检查方法包括常规的妇科检查，也就是双合诊和三合诊检查，同时要结合超声的检查，必要时还需要进行抽血检测血液中的肿瘤标记物来判断卵巢囊肿的性质。

妇科检查最常用的方法就是双合诊检查，医生用一只手置入到女性的阴道内，另一只手置入到女性的腹部，将子宫和双侧附件放于两手之间进行触摸，可以了解到卵巢囊肿的大小、位置、是否有压痛以及活动度。

超声检查可以看到卵巢囊肿的具体的性质，包括卵巢囊肿、囊壁的厚薄、囊腔内的回声以及囊内是否有分隔，可以初步地判断卵巢的囊肿的良恶性。另外，还可以结合肿瘤标记物CA25、CA199等来判断卵巢囊肿的性质。